Ege Üniversitesi SağlıkBilimleri Enstitüsü 20 Temmuz 1982 tarihinde yürürlüğe giren Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı hakkındaki 41 Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Enstitünün amacı; Ege Üniversitesinde SağlıkBilimlerine dayalı Yüksek Lisans ve Doktora öğretimini, 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanununun amaç ve ilkeleri doğrultusunda ve Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği İle Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği hükümleri çerçevesinde yürütmektir.

           Yukarıda anılan teşkilat yönetmeliğinin 5.madde (a) fıkrasına göre Tıp Fakültesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Eczacılık Fakültesi, Madde Bağımlılığı - Toksikoloji ve İlaç Bilimleri Enstitüsü, Hemşirelik Fakültesi ile Beden Eğitimi ve Spor Yüksek Okulu ve   İzmir Atatürk Sağlık Yüksek Okulu'nun bölümleri, lisansüstü  öğretim bakımından Sağlık Bilimleri Enstitüsüne Anabilim Dalı olarak bağlanmıştır.

           Sağlık Bilimleri Enstitüsünün bünyesinde Tıp Fakültesinde 17, Diş Hekimliği Fakültesinde 7, Eczacılık Fakültesinde 11, Hemşirelik Fakültesinde 8 olmak üzere 43 Anabilim Dali ile, Beden Eğitimi ve Spor Yüksek Okulunda 5, İzmir Atatürk Sağlık Yüksek Okulunda 1, Madde Bağımlılığı - Toksikoloji ve İlaç Bilimleri Enstitüsünde 1, Enstitüye bağlı 2  Anabilim Dalında lisansüstü eğitim yapılmaktadır.